Shkaku themelor i migrenës është idiopatik (i panjohur). Bashkëveprimi shkaqeve gjenetike me ato psikosociale, si: ankthi, lodhja, depresioni, çrregullimet bipolare akuzohen si ndër shkaqet kryesore të saj.
1) Shkaqet gjenetike
Është testuar që në 35-51% tek binjakët shkaku kryesor mbetet faktori gjenetik, që transmetohen tek pasardhësit në mënyrë autozomale dominante (nga prindi tek fëmija, pra jo nga gjyshërit). Në varësi të numrit të gjeneve të transmetuara apo të trashëguara varet edhe intensiteti i dhimbjeve. Më thjesht, nëse ju keni ngjashmëri gjenetike të lartë me prindin tuaj, aq më i rëndë do jetë intensiteti i dhimbjeve, pa harruar ndërveprimin psikosocial individual tuajin.
2) Aspektet fiziologjike
Përmendëm që migrena është e lidhur me sistemin neurohormonal. Duke u nisur nga kjo, rol të rëndësishëm luajnë menarket (menstruacionet për herë të parë) që mund të favorizojnë manifestimin e sëmundjes. Ndërsa perimenopauza dhe menopauza mendohet se i reduktojnë manifestimet. Po ashtu gjatë gravidancës (shtatzania) migrena zakonisht nuk ndodh në tremujorin e dytë dhe të tretë.
3) Shkaqet psikosociale dhe mjedisore
Ndër shkaqet psikosociale dhe mjedisore përmendim stresin, lodhjen, urinë, ankthin, depresionin, fonofobinë (ndjeshmërinë nga zhurmat), fotofobinë (ndjeshmërinë ndaj dritave të forta) dhe mungesën e ajrosjes së ambjentit etj.
