Përdorimi i antibiotikëve shoqërohet me efekte anësore. Efektet anësore të tyre janë të shpeshta dhe duhet që pacientët të pyeten kryesisht për alergji ndaj medikamenteve. Ndër efektet anësore më të shpeshta rezultojnë të jenë prurites, diarre, ethe, si dhe reaksione të ndryshme në lëkurë.
Gjithashtu edhe nëse nuk merren në formën e duhur, atëherë nuk do të kemi mjaftueshëm medikamente në trup dhe bakteret do të mbijetojnë e do të bëhen rezistente. Ndaj duhet të ndiqni gjithmonë këshillën e mjekut kur dhe si duhet t’i përdorni antibiotikët. Konkretisht nuk duhet të përdoren antibiotikët në rastet e infeksioneve të shkaktuara nga viruset, nuk duhen përdorur sasi më të vogla sesa ato që ka këshilluar mjeku, teksa nuk duhet ndërprerë asnjëherë kura para shërimit të plotë apo para periudhës së përshkruar nga mjeku.
Kur është e mundur, parandaloni infeksionet nëpërmjet vaksinimit të përshtatshëm. Larja e duarve si për vete ashtu edhe tek fëmijët duhet të jetë sa më e rregullt, kjo veçanërisht pas teshtimave, dhe kollitjeve para se të prekni sende apo njerëz të tjerë.
Duke zgjedhur një antibiotik me spektër të caktuar, ke më pak mundësi të dëmtosh florën bakteriale të zorrëve (të përbërë nga mikroorganizma, si dhe baktere të nevojshme e që kanë një funksion mbrojtës, dhe ul rrezikun që bakteret të bëhen rezistente).
