Përdorimi i gjerë dhe pa kriter i antibiotikëve vepron si një ndër faktorët më të fuqishëm në përhapjen e rezistencës bakteriale. Trajtimi me antibiotikë asgjëson ose freno shumëzimin e baktereve të ndjeshëm ndaj tij, ndërkohë që nuk arrin të veprojë në mutantët rezistentë, si dhe në florën bakteriale rezistente.
Efekti selektues i baktereve rezistente nga presioni i antibiotikëve është elementi bazë në përhapje e rezistencës bakteriale. Frekuenca e shtameve rezistent është maksimale në mjediset spitalore, veçanërisht në repartet e djegies, përkujdesit intensive dhe urologjie.


