Shkaqet janë disa, por nuk njihen të gjitha. Ndër shkaqet e njohura më të shpeshta janë anomalitë kromozomike të embrionit, që nuk lejojnë zhvillimin normal të tij. Më shumë se gjysma e embrioneve të abortuara para javës së 12-të kanë anomali kromozomike.
Shkaqe të tjera mund të jenë çrregullimet hormonale, si: deficenca e progesteronit, sëmundje si diabeti i sheqerit, hipotiroidizmi, sëmundje autoimune dhe më rrallë infeksionet, si: klamidia, rubeola, toksoplazma etj. e rrallëherë keqformimet e mitrës. Këto të fundit bëhen shkak kryesisht për abortet e vona.
Gjithashtu në aborte të hershme mund të çojnë edhe përdorimi i medikamenteve antipsikotike nga shtatzënat.
Marrëdhëniet seksuale ose ushtrimet fizike gjatë kësaj periudhe akuzohen si shkak i mundshëm i aborteve, ndonëse ky fakt nuk është provuar ende shkencërisht.
